Hana Kimi raconte l'histoire de Mizuki, une jeune lycéenne américaine, qui tombe amoureuse d'un perchiste à la télévision. Ce dernier étant japonais, elle décide de s'expatrier là-bas et d'intégrer la même école que lui. Seul hic : cette école est une école privée pour garçon. Loin de jeter l'éponge, Mizuki décide de se faire passer pour un garçon. Par chance, elle se retrouve compagnon de chambrée avec Sano, le jeune homme de ses rêves. Mais... Est-ce une chance, ou plutôt de la malchance? Hana Kimi nous raconte donc les déboires de cette travestie en herbe. C'est un cocktail détonnant d'humour, de romantisme, de vie commune et de coups de pot.